Eliminar duplicados
Selecciona el texto en el que quieres eliminar duplicados (o no selecciones nada para aplicar a todo el archivo).
Edit → Permute Lines → Unique
Esto elimina las líneas duplicadas dentro de la selección.
Ordenar
Instala el paquete Sort Lines (Numerically)
desde Package Control
.
Edit → Sort Lines → Sort Lines (Case Sensitive)
Esto ordenará alfabéticamente, pero no por valor numérico.