Eliminar duplicados

Selecciona el texto en el que quieres eliminar duplicados (o no selecciones nada para aplicar a todo el archivo).

Edit → Permute Lines → Unique

Esto elimina las líneas duplicadas dentro de la selección.

Ordenar

Instala el paquete Sort Lines (Numerically) desde Package Control.

Edit → Sort Lines → Sort Lines (Case Sensitive)

Esto ordenará alfabéticamente, pero no por valor numérico.